Indonesia Air Asia berdiri pada bulan September 1999 dengan nama PT. AWAIR International. Namun demikian AWAIR baru memulai operasinya setahun kemudian. Yakni dengan melayani rute penerbangan domestik di sejumlah kota di tanah air. Untuk rute penerbangan internasional baru ke Singapura saja.

Persaingan yang cukup ketat di sektor transportasi udara membuat AWAIR tidak bisa bertahan lama. Setahun kemudian AWAIR menghentikan operasinya. Akhirnya pada tahun 2004 AWAIR diambil alih oleh Air Asia, sebuah maskapai yang mengusung brand image penerbangan bertarif murah. Pada tanggal 1 Desember 2005 AWAIR resmi berganti nama menjadi PT. Indonesia Air Asia.

Pada tahun 2010 Indonesia Air Asia telah melayani sejumlah rute penerbangan domestik ke berbagai kota tujuan di Indonesia. Di antaranya Bandung, Balikpapan, Batam, Denpasar, Jakarta, Medan, Padang, Pekanbaru, Palembang, Surabaya, dan Yogyakarta. Adapun rute penerbangan internasional antara lain Saigon, sejumlah kota di Malaysia dan Thailand, Pilipina, Penang, Singapura, Cina, Hongkong, Makau, Tokyo, Seoul, Taipei, Daka, sejumlah kota di India, Colombo, Bandar Seri Begawan, Rangoon, Kamboja, Laos, Iran, London, Paris, dan Australia .

Hingga bulan Pebruari 2011, Indonesia Air Asia telah memiliki armada sejumlah 16 unit. Yakni menggunakan pesawat jenis Airbus A320-200.

Sepanjang beroperasinya, Indonesia Air Asia baru mengalami satu kali insiden. Yakni saat pesawatnya yang berjenis Airbus A320-200 dengan rute Kuala Lumpur-Kuching tergelincir keluar dari landasan pacu di Bandara Internasional Kuching pada tanggal 10 Januari 2011 lalu. Tidak ada korban jiwa dalam musibah ini. Hanya empat orang penumpang yang mengalami cedera ringan.

Pada bulan Juli 2011 ini maskapai Indonesia Air Asia mendapatkan penghargaan dalam acara Changi Airline Awards sebagai salah satu dari sepuluh maskapai penerbangan terbaik berdasarkan pertumbuhan jumlah penumpangnya. Changi Airline Awards merupakan acara penghargaan yang digelar setiap tahun oleh Changi Airport Group untuk merayakan kerja sama yang selama ini terjalin antara Bandara Changi dengan sejumlah maskapai penerbangan yang telah menjadi partnernya.