Merpati Nusantara Airlines merupakan salah satu maskapai nasional yang khusus melayani penerbangan domestik, berdiri pada tanggal 6 September 1962. Maskapai yang memiliki kode penerbangan MZ ini berdiri berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) No. 19 tahun 1962 mengenai pendirian Perusahaan Negara (PN) perhubungan udara daerah dan penerbangan serba guna. Pada awalnya, Merpati Nusantara Airlines hanya memiliki enam pesawat dan melayani penerbangan yang menghubungkan tempat-tempat terpencil di wilayah Kalimantan. Selain itu keberadaan maskapai ini juga dikhususkan untuk mengemban tugas-tugas pemerintahan semata. Namun akhirnya pada tahun 1966, Merpati Nusantara Airlines mulai melayani penerbangan komersil. Termasuk penerbangan internasional dengan rute Kuala Lumpur dan Darwin. Meskipun demikian, penerbangan perintis tetap saja dijalankan.

Pada tahun 1972 pemerintah mengeluarkan PP No. 30 Tahun 1978 yang mengharuskan Merpati Nusantara Airlines mengalihkan modalnya ke Garuda Indonesia sehingga maskapai ini akhirnya menjadi anak perusahaan Garuda Indonesia. Keberadaannya sebagai anak perusahaan Garuda Indonesia menumbuhkan pola hubungan yang saling sinergis. Yakni saling melengkapi dan saling mengisi. Merpati Nusantara Airlines tetap saja melayani penerbangan perintis, transmigrasi, lintas batas, angkutan barang, maupun tujuan wisata.

Dari segi keamanan dan keselamatan penerbangan, Merpati  Nusantara Airlines mendapatkan penilaian kurang karena dinilai memiliki rekor keselamatan yang buruk bila dibandingkan dengan maskapai Indonesia lainnya. Bahkan pernah beberapa kali masuk daftar hitam Uni Eropa. Selain itu, masalah finansial serta kekacauan di tubuh internal sempat membuat Merpati Nusantara Airlines jatuh bangun. Kondisi ini semakin parah ketika terjadi krisis ekonomi tahun 1997 dan Merpati Nusantara Airlines memutuskan untuk melepaskan diri dari Garuda Indonesia. Maskapai tersebut semakin terpuruk dan hutangnya kian melambung melampaui aset yang dimiliki.

Memasuki tahun 2007, Merpati Nusantara Airlines mulai melakukan revitalisasi dan modernisasi armadanya. Yakni dengan memesan 14 pesawat Xian MA60 dari China. Hingga kini maskapai tersebut telah memiliki armada sejumlah 42 unit. Namun demikian, sejumlah kecelakaan maut tetap saja mengiringi perjalanan maskapai tersebut.  Di antaranya kecelakaan di pegunungan Papua (pesawat Twin Otter) pada tahun 2009 dan di perairan Kaimana (pesawat Xian MA60) yang menewaskan seluruh penumpangnya.